Existem diferenças quanto ao armazenamento do Certificado e o uso.
O e-CPF A3 é armazenado em Token ou Smartcard (que precisa de leitora) e permite acesso a diversos sistemas governamentais e assinatura de documentos através do Adobe. Entretanto, não está integrado aos sistemas de prontuário eletrônico e prescrição médica, impossibilitando a assinatura de documentos como laudos, exames, receitas e atestados.
O Bird ID é um Certificado Digital em nuvem e precisa apenas do aplicativo para assinar documentos. Além de todas as funções do e-CPF A3, é integrado aos principais sistemas de prescrição e prontuário eletrônico. Esse modelo pode ser usado diretamente no smartphone ou tablet.